基金會於2014年初啟動鄭南榕紀念館數位保存計畫，以數位保存為目標，盡可能做到有效管理館藏，讓與鄭南榕相關重要文物資料能得到妥善的留存之餘，也讓董事會、工作人員、志工都能了解此藏品管理策略，讓紀念館在此基礎上得以永續經營。

 

本計畫之遠程目標在於發展館內檔案的多元應用價值，提供基金會能量使其能永續發展。中程目標在於投入三年時間，將紀念館檔案轉換為數位檔，促進檔案保存品質的提升，持續擬定相關工作規範，並擴展佈展素材、學術研究需求等典藏品應用服務。近程目標則包含挖掘更多鄭南榕的個人、思想樣貌，並初步規劃、整理相關文物，建立紀念館將來重整全館"敘事"結構的基礎。